確定申告をした後に、申告内容に誤りや変動などが判明した場合には、納めるべき税金が過大となる場合は更正の請求、過少となる場合は修正申告を行います。
更正の請求は、納付すべき税金がある確定申告に対する場合は当該年度申告期限から、還付すべき税金がある確定申告（還付申告）に対する場合は還付申告をした日と当該年度申告期限のいずれか遅い日から、それぞれ1年間となっています。
修正申告には税に関する時効の成立まで、期限はありません。
税務署による税務調査を受けた後で修正申告をしたり、税務署より税額の更正（増）を受けた場合は、過少申告加算税が加算されることがあります。
納付期限後の追納付には延滞税が加算されることがあります。
給与から所得税が源泉徴収されるサラリーマンは、勤務先で年末調整によって最終的な税額が計算されるため、一般的には確定申告の必要はありませんが、以下に該当する場合には確定申告の必要がでてきます。
◎給与の収入金額が2000万円を超える人
◎給与を一ヶ所から受けていて、給与所得や退職所得以外の各種の所得金額の 合計額が20万円を超える人
◎給与を二ヶ所以上から受けていて、年末調整をされなかった給与の収入金額と 給与所得や退職以外の各種の所得金額の合計額が20万円を超える人
◎同族会社の役員やその親族などで、その同族会社から給与の他に貸付金の利子や店舗などの賃貸料などの支払いを受けた人
◎災害減免法により、源泉徴収税額の徴収猶予や還付を受けた人
◎外国の在日公館に勤務する人で、給与の支払いを受ける際に所得税を源泉徴収されないこととなっている人